وی چگونگی دفاع از اسلام و مبارزه با کفر را از این مسجد آموخت.
خرمشهر را همه با نام محمدجهان آرا می شناسند فرمانده سپاه خرمشهر که با اندک نیروهایی در مقابل نیروهاى مهاجم عراقى سى و پنج روز مقاومت کردند. وی در سال ۱۳۳۳ در خانواده‌ای مستضعف، مسلمان، متعهد و دردکشیده در خرمشهر متولد شد.
پایبندی خانواده او (بویژه پدرش) به اسلام باعث شد که از همان کودکی عشق به خدا و خاندان عصمت و طهارت(ع) در جان و قلب محمد ریشه دواند. از همین ایام وی تحت نظر پدر بزرگوارش به فراگیری قرآن مجید پرداخت. فعالیت های سیاسی مذهبی شهید جهانآرا از شرکت در جلسات مسجد امام صادق(ع) خرمشهر شروع شد و از همان زمان مبارزه جدی او علیه طاغوت آغاز شد.
در سال ۱۳۴۸ در سن ۱۵ سالگی تحت تاثیر جنبش اسلامی به رهبری حضرت امام خمینی(ره) همراه عده‌ای از دوستان فعال مسجدی‌اش وارد مبارزات سیاسی شد. ابتدا به برپایی جلسات تدریس و تفسیر قرآن در مساجد پرداخت؛ ضمن آنکه در مبارزات انجمن های اسلامی دانش‌آموزان نیز شرکتی فعال داشت. در اواخر سال ۱۳۴۹ همراه برادرش به عضویت گروه مخفی حزب‌الله خرمشهر درآمد.
این مسجد ملک شخصی آیت‌الله شبیر خاقانی است که در کنار منزل و مدرسه علمیه وی واقع شده است. مساحت مسجد حدود چهار هزار متر است و در سال ۱۳۴۷ تجدید بنا شده است. نهر بزرگی رو به روی مسجد قرار داشت که نخلستان های اطراف را آبیاری می کرد و هیچ خانه ای در مقابل مسجد نبود.
مسجد امام صادق (ع) مکان اقامه نماز جمعه و جماعت بود و به دلیل فعالیت مرحوم آیت‌الله شبیر خاقانی که مجتهد و روحانی فعالی بود، فارسی زبان ها به همراه عرب ها و عشایر اطراف خرمشهر روز جمعه با وسایل نقلیه آن زمان مانند اسب، موتورسیکلت و دوچرخه برای اقامه نماز جمعه به مسجد می‌آمدند و نماز به امامت مرحوم شیخ اقامه می‌شد.
آیت‌آلله شبیر خاقانی کفن می‌پوشید و با شمشیری در دست خطبه‌های نماز جمعه را می‌خواند البته خطبه‌ها عموما به زبان عربی بود چون وی با زبان فارسی مسلط نبود و مردم منطقه نیز عموما عرب زبان بودند.
عبدالحمید عیدی‌زاده، عضو هیئت مدیره مسجد امام صادق (ع) خرمشهر پیرامون تاریخچه این مسجد گفت: رژیم و دستگاه حکومت پهلوی نسبت به عملکرد مؤسس مسجد امام صادق (ع) حساس بود چرا که وی انتقاد می‌کرد و مسایل روز و مشکلات مردم در شهر و روستا را بیان می‌کرد از همین رو بسیاری از برادران فارسی‌زبان، بزرگان و جوانان شیفته منبرها و نماز جمعه وی بودند.
همه برادران عرب زبان در نماز جمعه وی شرکت می‌کردند این در حالی است که نماز جمعه دیگری در خرمشهر نبود. عیدی‌زاده بیان کرد: اکثر علمای شهر از محضر درس وی استفاده می‌کردند. با توجه به مشکلاتی که رژیم ایجاد کرده بود، چند سال به صورت مشترک مراسم مختلف و نماز در این مسجد برقرار می‌شد که بعدها هیئت آذربایجانی‌ها محل فعلی را خریداری و با پرداخت هزینه از سوی آیت‌الله آل شبیری مسجد بازسازی شد و اکنون در آن مراسم عبادی برگزار می‌شود.
وی افزود: به همت هیئت آذربایجانی‌ها مسجد امام صادق (ع) توسعه پیدا کرد و در هم ادغام شد. با انتخاب هیئت‌مدیره‌ای مناسب و متخصص چون مرحوم حاج عبدالله و کمال احمد‌زاده و ودادی مسجد تجدید بنا شد و سالن وسیع کتابخانه‌ای مناسب با کمک خیرین با تمام امکانات روز ساخته شد.
عیدی‌زاده با اشاره به اسامی جوانان فعال مذهبی و سیاسی این مسجد همچون شهید جهان آرا گفت: احمد و محمد فروزنده، شهید محمدعلی جهانآرا و برادران، اسماعیل زمان بر، رضا بصرزاده، یونس محمدی، فؤاید و فرید کریمی، اخوان نعمت‌زاده‌ها، مجتهدزاده، محمد نورانی و جانباز شهید قیم سلمان رضازاده، دکتر محمدرضا عباسی، شیخ حیدریان و دوستان دیگری مانند حاج صادق منعم، علی‌زاده، سیدعبدالهادی محمدی از جوانانی هستند که در جنگ تحمیلی شهید یا مجروح شدند.
عضو هیئت امنای مسجد امام صادق (ع) ادامه داد : منزل شهید جهانآرا با شروع انقلاب اسلامی به مرکز فعالیت‌های ضد رژیم و پخش اعلامیه علیه رژیم و نیز جلسات مخفی و آشکار تبدیل شد البته در بعضی از منزلَ های دیگر هم فعالیت مذهبی انجام می‌شد ولی مرکزیت و مدیریت نقش اصلی را برادران ذکر شده که جزء شهدای مسجد امام صادق (ع) هستند به عهده داشتند.
عیدی‌زاده گفت: مسجد امام صادق (ع) سنگر محکمی در برابر رژیم و پناهگاهی برای جوانان مذهبی و انقلابی شهر بود و جوانان درس آموخته از مکتب امام حسین (ع) و اسلام چگونگی دفاع از اسلام مبارزه با کفر را از این مسجد آموختند.
وی ادامه داد: اکثر جوانان شهر در این مسجد حضور می یافتند و در فعالیت‌های سیاسی و مذهبی شرکت می‌کردند و نیز به دلیل نزدیکی منزل شهید جهانآرا برخی از فعالیت‌های جوانان و مذهبیون شهر در منزل شهید جهانآرا انجام می‌شد.
عیدی‌زاده ادامه داد: کتابخانه مسجد امام صادق (ع) در گذشته حدود سه هزار و ۵۰۰ جلد کتاب فارسی، عربی، انگلیسی و کتاب‌های حوزوی داشت که اکثر کتاب‌ها به وسیله شیخ و مردم به کتابخانه اهدا شده بود اما متاسفانه به دلیل بی توجهی به مرمت آن در حال حاضر کتابخانه در این مسجد فعال نیست. بهترین کتاب‌های آن زمان در کتابخانه موجود بود و در آن زمان روزنامه‌ها و مجلات از حوزه‌های علمیه مرتب به کتابخانه می‌رسید و دانش‌آموزان و جوانان از زن و مرد بهترین استفاده را از آن می‌کردند.
عضو هیئت‌مدیره مسجد امام صادق (ع) خرمشهر گفت: شهید جهانآرا و برادران وی از مقطع راهنمایی بر ضد رژیم شاه فعالیت داشتند.
این شهید جوانی مؤمن، آرام و فداکار بود و در همه کارها خودنمایی می‌کرد و به انقلاب و فعالیت‌های انقلابی علاقه‌ای خاص داشت. با شروع جنگ تحمیلی مسجد و کتابخانه امام صادق (ع) مانند سایر نقاط خرمشهر مورد حملات هوایی ارتش رژیم بعثی عراق قرار گرفت و در مدت ۲۰ ماهی که شهر اشغال بود مسجد و کتابخانه به ویرانه تبدیل شد.
عیدی‌زاده بیان کرد: کتاب‌های کتابخانه همه از بین رفت و سوخت ودوسال کتاب‌ها و لوازم مسجد و کتابخانه زیر آوار و باران بود تا اینکه در سال ۱۳۷۳ مدرسه علمیه امام صادق (ع) و منزل آیت‌الله شیخ محمد طاهر از سوی فرزند وی، حضرت آیت‌الله شیخ محمد آل شبیر خاقانی که در کویت و قم مسجد و مدرسه علمیه دارند، پس از رفع مشکلات ثبتی ساخته شد اما کتابخانه همچنان مخروبه باقی مانده است.