در سال ۱۳۴۱ ه.ش مرحوم حاج سید رضا سادات اخوی یکی از خیرین و متدینین شهر تهران قطعه زمینی به مساحت پنج هزار متر مربع را برای احداث مسجد، مدرسه علمیه، کتابخانه و رقبات تجاری وقف کرد.بنای مسجد امام حسین (ع) در سال ۱۳۴۲ و توسط مرحوم حاج شیخ عباسعلی اسلامی از مؤسسان مدارس دینی احداث شد و استادهای برجسته معماری سنتی معاصر ایران یعنی مرحوم استاد حسین لرزاده و مرحوم محمد کاشی ساخت این مجموعه را بر عهده داشتند و در سال ۱۳۴۶ مسجد امام حسین (ع) مقارن با سالروز میلاد حضرت محمد (ص) رسماً برای ادای فرایض دینی افتتاح شد.
بنای مسجد مشتمل بر فضاهای متعددی همچون ورودی‌ها، صحن وسیع، ایوان‌های چهارگانه، شبستان، گنبد، سردر ورودی‌ها، سرویس خدمات فرهنگی، سرویس‌های بهداشتی و آشپزخانه است. حیاط مسجد مستطیل شکل و حوض وسط حیاط مرمرین است، این مسجد دارای شبستانی به متراژ تقریبی ۷۰۰ متر است.
استاد لرزاده سعی داشت تا با الهام از شیوه معماری سنتی ایران و تلفیق آن با معماری مدرن این مسجد را متناسب با نیازهای فرهنگی آن زمان بسازد. کالبد اصلی مسجد الهام گرفته از مساجد چهار ایوانه سنتی و کهن معماری ایرانی بوده و شیوه‌های معماری مدرن، به طور خاص در فضاهای داخلی و نوع پوشش‌ها و ستون‌ها متجلی است.
تزیینات به کار رفته در نمای مسجد شامل گره‌چینی آجری، مقرنس، کاسه‌سازی، کاشیکاری و کتیبه‌هاست و از پرکارترین تزیینات و نقوش به کار رفته در آن می‌توان از گره چینی آجری به اشکال و طرح‌های مختلف نام برد. مقرنس کاسه‌سازی و کاشی کاری با طرح گل و بته نیز از دیگر عناصر تزیینی شاخص در بنا به شمار می‌رود.
طبق نظر واقف، تولیت این موقوفه می باید توسط مرجع اعلم سادات ساکن در شهر مقدس قم و یا توسط ولی فقیه اداره گردد، از اینرو از ابتدا شروع کار، مسجد موقوفه توسط مراجع اعلم شهر قم اداره گردید و پس از انقلاب جمهوری اسلامی ولی فقیه، نماینده تام الاختیاری برای انجام همه امور مسجد و موقوفه انتخاب کرده است.
اولین امام جماعت و عهده دار امور مسجد و موقوفه مرحوم حضرت آیت الله صدر و دومین امام جماعت و عهده دار امور مسجد و موقوفه مرحوم حضرت آیت الله حقی و سومین امام جماعت و عهده دار امور مسجد و موقوفه مرحوم حضرت آیت الله حاج سید عباس ابوترابی و در حال حاضر این مسئولیت به عهده حضرت حجت الاسلام حاج سید محمد حسن ابوترابی است.
مسجد امام حسین (ع) در ضلع شمال غربی میدان امام حسین (ع) واقع شده و در سال ۱۳۸۴ به شماره ثبت ۱۱۴۶۷ در فهرست آثار ملی ایران به ثبت رسیده است.
صندوق قرض الحسنه مسجد امام حسین (ع)
صندوق قرض الحسنه مسجد امام حسین (ع) در تاریخ بیستم جمادی الثانی سال ۱۳۹۸ هجری قمری مطابق با هفتم خرداد ماه سال ۱۳۵۷ هجری شمسی افتتاح گردیده و به شماره ۲۱۱۰ به ثبت رسیده است.
طی ۲۶ سال فعالیت صندوق از سال ۱۳۵۷ تا پایان تیر ماه سال ۱۳۸۳ مجموعا مبلغ ششصد و هشتاد و یک میلیون تومان وام پرداخت نموده است که از مبلغ فوق یکصد و پنجاه میلیون تومان طی ۱۹ سال تا پایان سال ۷۶ و مبلغ پانصد و سی و یک میلیون تومان طی ۶.۵ سال از ابتدای سال ۷۷ تا پایان تیر ماه سال ۸۳ وام پرداخت شده است.متقاضی وام و ضامن باید در محدوده صندوق باشند.
وام گیرنده باید یک قطعه چک خود یا یکی از بستگان خود را به مبلغ وام به صندوق بسپارد. ضامن باید کاسب، دارای جواز کسب دائم و دسته چک باشد. ضامن باید حداقل ۱۰% مبلغ وام را نزد صندوق به صورت سپرده گذاشته باشد. حداکثر وام، مبلغ سه میلیون ریال است و بازپرداخت وام در ۱۰ قسط متوالی است..
مدرسه علمیه همجوار مسجد
مدرسه علمیه حضرت امام حسین (ع) درسال ۱۳۶۹ به لطف پروردگار با هدف تربیت و پرورش نیروهای متعهد ومتخصص درزمینه علوم اسلامی، توسط مرحوم آیت‌الله حقی عضو خبرگان رهبری، تاسیس گردید.تعداد ۱۰۵ طلبه در شش پایه تحصیلی در این مدرسه مشغول به تحصیل هستند، پذیرش طلبه از مقطع سیکل و دیپلم می‌باشد.
علاقه مندان پس از موفقیت در آزمون ورودی و مصاحبه، گزینش می شوند و بعد از گذراندن دوره آموزشی سه ماهه، در صورت قبول شدن در آزمون نهایی به عنوان طلبه مشغول به تحصیل خواهند شد. قبل از شروع سال تحصیلی، اردوی آمادگی تحصیلی برای داوطلبان پذیرفته شده برگزار می شود.مجموعه آموزشی مدرسه علمیه امام حسین (ع) با برنامه ریزی منظم، سعی در آموزش طلاب در جهت توانایی پاسخگویی به نیازهای دینی و اجتماعی روز جامعه دارد.