پایگاه تخصصی مسجد، مهمترین مشکل خانواده‌ها و کسانی که به نوعی با این قشر سر و کار دارند، نداشتن مهارت برقراری ارتباط درست با نوجوانان است. باید به یاد داشت که در برقراری هر ارتباطی حضور دو یا چند واحد اجتماعی مثل دو نفر یا دو رسانه و ... لازم می‌باشد تا در ضمن این حضور فرآیند انتقال و دریافت مناسبات و پیام‌ها به خوبی انجام شود. توانایی دو طرف در برقراری هر چه بهتر این ارتباط چه از طریق رفتار و احساسات و چه از طریق کلامی در انتقال اطلاعات بین افراد، رفع سوء تفاهم‌ها و ارائه مسائل آموزشی، مؤثر و منجر به رشد اجتماع می‌شود.
آیت الله حسینی در برقراری این ارتباط با نوجوانان بسیار موفق بوده‌اند. به عقیده ایشان مسئله عمده در ایجاد ارتباط با جوانان فهمیدن زبان جوان است و در این باره میفرمایند: «ببینید ما الان وقتی سن‌مان می‌شود پنجاه سال، شصت سال اقتضائات سنی خودمان را داریم، برای خودمان شأنی قائلیم و دیگر سخت‌مان می‌شود با بچه‌ها سلام و علیک گرم و خیلی دوستانه بکنیم. به نظرم امام جماعت همیشه باید با خود بگوید که من اگر پانزده سالم بود و می‌آمدم توی مسجد دوست داشتم این امام جماعت با من چه جوری رفتار کند و دائم با خودش بگوید اگر هفتاد سالم بود، دوست داشتم امام جماعت با من چه جوری رفتار کند؛ اگر سی سالم بود چه. من همه اینها را مدام با خودم مرور می‌کنم؛ یعنی انسان خودش را بگذارد به جای مخاطبش.»
توجه به کودکانی که نوجوانان آینده را تشکیل می‌دهند و برنامه ریزی برای آنها و ایجاد ارتباط عاطفی با آنها، قدری از مشکلات دوران نوجوانی و جوانی و ارتباط با آنها را کاهش می‌دهد. ایشان در زمینه حضور کودکان در مسجد و برنامه‌ریزی و ارتباط با آنها هم ایده‌های نویی دارند و می‌گویند: «من شاید تقریباً بدون اغراق بگویم سالی دوازده مرتبه، یعنی ماهی یک بار به این نکته اشاره می‌کنم که آقایان و خانم‌ها بچه‌هایشان را با خودشان مسجد بیاورند و کسی هم در مسجد حق حرف زدن و تشر زدن به بچه‌ها را ندارند. آن کسی که باید حرف بزند من هستم؛ یعنی اگر یک خطایی هم کرد آن پیرمرد نگوید بچه بنشین سرجایت، به من اطلاع بدید خودم میگویم.»
آیت الله حسینی درباره نحوه شکل گیری برنامه‌های آموزشی کوتاه مدت و بلند مدت مسجد برای کودکان و مراحل آن بیان کردند که: «یهودی‌ها می‌گویند شما بچه‌تان را چهار ساله به ما بدهید، هفت ساله بگیرید؛ او یک صهیونیست است. هرجا خواستید ببرید. یعنی به فاصله سه سال او را یک صهیونیست می‌کنند. آن وقت ما با داشتن این همه معارف و معرفت بگذاریم تربیت بچه‌هایمان ناجور بشود؟
ما 23 شهریور کار را قبول کردیم، اول مهر مهد قرآن‌مان شروع شد با چهل تا دانش‌آموز. از طبقه بالا، طبقه زنانه مسجد چهار تا اتاق با موکت درست کردیم. الان یازده سال است داریم این کار را می‌کنیم. آن سال اول از بچه‌های سه ساله و چهار ساله نیرو گرفتیم و تا شش سالگی پرورش دادیم. دو سال است با کمک مکتب قرآن قم و همکاری و نظارت سازمان بسیج جامعه زنان کشور بانوانی از سراسر کشور دعوت میشوند، (پانصد نفر سال گذشته و ششصد نفرامسال) و دوره ای با اساتید مجرب میبینند و مربی مهد می شوند. سال گذشته تقریبا چهارده هزار بچه در سراسر کشور زیر مجموعه این روش بودند. کتاب هم چاپ شده برای کارشان و واحد کارهایشان که در همین مسجد طراحی کردیم با مربیان همین مجموعه.»